Każda inwestycja, a więc również audyt logistyczny, obarczona jest ryzykiem. W tym wypadku chodzi głównie o rzetelność i dopasowanie procesu kontrolnego do specyfiki firmy. Problem w tym, że wartość audytu możemy w pełni ocenić dopiero po jego zakończeniu, kiedy trudno już cokolwiek zmienić. Dlatego kluczową kwestię stanowi staranny dobór partnera przeprowadzającego analizę procesów logistycznych.