Implementacja systemu WMS zdaje się dosyć prostym przedsięwzięciem, zwłaszcza w porównaniu z wdrożeniem całego systemu ERP. System WMS przeważnie ogranicza się do zarządzania przepływem towarów w magazynie, strategiami ich rozmieszczania i pobierania oraz zarządza personelem magazynowym. W przeciwieństwie do dużego systemu ERP w WMS trudno znaleźć integrację z obszarami księgowymi czy rachunkowości zarządczej, które zwykle wymagają szczegółowych ustaleń. A jednak wdrożenia systemów WMS często przysparzają nieoczekiwanych trudności, zarówno w trakcie trwania samego projektu, jak i tuż po starcie produktywnym systemu.