Bezpieczeństwo pracy w magazynie powinno być priorytetem jego funkcjonowania. Każda maszyna czy urządzenie musi spełniać wymagania bezpieczeństwa zawarte w dyrektywie maszynowej (maszyny wyprodukowane po 1.05.2004 r.) lub dyrektywie narzędziowej (maszyny wyprodukowane przed 1.05.2004 r.). Pamiętać należy, że nie tylko maszyny/urządzenia stanowią zagrożenie w magazynie, ale również narzędzia (ręczne, elektryczne, pneumatyczne itp.) czy przede wszystkim sami pracownicy.